El Instituto Español de Oceanografía tiene rango de Subdirección General, de la que dependen dos Subdirecciones:
- Subdirección General de Investigación, encargada de la planificación, coordinación y evaluación de la actividad científica del Organismo.
- Secretaría General, que se ocupa de la planificación, coordinación y evaluación en materia de gestión económico-administrativa.